NIFM18001U Overvågning og eftersporing af fødevarebårne sygdomme

Næsten dagligt hører vi om udbrud med fødevarebårne patogener fx Salmonella i svinekød, norovirus i frosne bær og VTEC i bønnespirer. At finde den specifikke kilde til et udbrud er dog ofte et kompliceret stykke detektivarbejde, der kræver et godt samarbejde mellem myndigheder, forskere og erhverv; herunder mellem humane og veterinære epidemiologer og mikrobiologer. Udover at stoppe udbruddet så yderligere sygdomstilfælde undgås, bibringer en succesfuld opklaring af et udbrud desuden ofte ny viden om smittekilder eller smitteveje, der kan bruges til fremtidig forebyggelse og kontrol. Overvågning af forekomsten af fødevarebårne patogener i dyr, fødevarer og mennesker er grundlaget for en succesfuld udbrudsopklaring, da det er gennem denne, at man i første omgang opdager, at der er et udbrud i gang, og senere opstiller hypoteser om og eftersporer potentielle smittekilder.

På dette kursus vil vi gennemgå de mikrobiologiske og epidemiologiske metoder, som vi anvender til overvågning af fødevarebårne sygdomme og til eftersporing af smittekilder. Særligt vil der blive lagt vægt på opklaring af fødevarebårne udbrud. Alle metoder er internationalt anerkendte værktøjer, men metoderne og ikke mindst resultaterne kan ofte være svære at fortolke i det rette perspektiv. Formålet med kurset er derfor også at give forståelse for metodernes styrker og svagheder. Kurset vil gennemgå begreberne sensitivitet og specificitet af overvågningsmetoder og diskutere deres og prøvestørrelsers betydning for det der observeres. Kurset vil også tage deltagerne gennem alle trinene i opklaringen af fødevarebårne udbrud, og det hele vil blive krydret med eksempler og case studier fra det virkelige liv.

Eftersporing af smittekilder forudsætter ofte, at man kombinerer resultaterne fra mikrobiologiske og epidemiologiske undersøgelser. Mikrobiologiske metoder anvendes til entydigt at identificere bakterier og adskille dem på underarts niveau. Vi vil på kurset give en introduktion til de mest anvendte typningsmetoder brugt til overvågning og udbrudseftersporing, herunder MLST, MLVA og helgenomsekventering (WGS). Typningsresultater anvendes dels til at få en mistanke om en mulig kilde (hvis det fx er en bestemt Salmonella type, som man tidligere har set i en specifik fødevare eller animalsk reservoir), og dels til at af- eller bekræfte en sammenhæng mellem fund af et patogen i hhv. syge mennesker og mistænkte fødevarer.

Epidemiologiske metoder inkluderer bl.a. interviewundersøgelser (fx case-kontrol og kohorte undersøgelser), som har til formål at udpege mulige smittekilder ved at spørge patienter og raske personer om deres indtag af forskellige fødevarer i en given periode og derefter foretage en statistisk sammenligning af deres svar. Sådanne undersøgelser kan danne baggrund for udtagning af prøver til mikrobiologiske undersøgelser. Epidemiologi handler også om at beskrive udbruddets forløb og definere omfang såvel geografisk som tidsmæssigt, samt karakterisere patienterne, herunder alder og køn mm. Sådanne informationer danner bl.a. grundlag for at generere hypoteser omkring smittekilden.