NBIB25003U Biologisk sekvensanalyse

Årgang 2025/2026
Engelsk titel

Biological Sequence Analysis

Uddannelse

Bacheloruddannelsen i bioinformatik 

Kursusindhold

Hvilke biologiske informationer kan vi opnå fra sekvenser? I løbet af kursus vil vi behandle algoritmer, som arbejder på DNA-, RNA- og proteinsekvenser og har en bred række mål, fra sammenligning af sekvenser for at forstå deres evolutionære forhold til at udtrække information for at forudsige tredimensionelle strukturer.

Målbeskrivelser

Viden

  • Viden om og forståelse af de vigtigste algoritmer brugt til
    • Sammenligning af sekvenser - pairwise, multiple alignment
    • Metoder for søgning i store sekvensdatabaser
    • Hidden Markov Modeller af biologiske sekvenser
    • Sekvensbaserede metoder for strukturmodellering - protein, RNA
    • Udvalgte store sprogmodeller i bioinformatik
  • Forståelse af den biologiske kontekst af algoritmerne, og hvordan den indgår i deres udvikling

 

Færdigheder

  • Kan forklare algoritmer og metoder behandlet i kursus, inklusive deres begrænsninger
  • Kan vælge velegnet metoder for givet biologiske problemer og spørgsmål
  • Kan bruge standard computerprogrammer til biologisk sekvensanalyse
  • Kan tolke resultater fra biologisk sekvensanalyse

 

Kompetencer

  • Deltage i diskussioner om algoritmer og metoder og interpretation af resultater fra biologisk sekvensanalyse - med bioinformatiker og fagfolk fra relaterede discipliner
  • Bidrage til tværfaglige forskningsprojekter som inddrager biologisk sekvensanalyse

Se Absalon. 

Grundlæggende biokemi- og molekylærbiologi og grundlæggende matematik, programmering
Forelæsninger, teoretiske øvelser og praktiske (computer)øvelser, pair programming
  • Kategori
  • Timer
  • Forelæsninger
  • 36
  • Forberedelse (anslået)
  • 123
  • Teoretiske øvelser
  • 24
  • Praktiske øvelser
  • 8
  • Eksamensforberedelse
  • 14
  • Eksamen
  • 1
  • I alt
  • 206
Mundtlig
Feedback ved afsluttende eksamen (ud over karakteren)
Peerfeedback (studerende giver hinanden feedback)
Point
7,5 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve, 20 minutter, med 20 minutter forberedelsestid
Prøveformsdetaljer
Mundtlig prøve på 20 minutter (herudover votering og karaktergivning) med 20 minutter forberedelse, baseret på prædefinerede spørgsmål indenfor kursets emner.
Krav til indstilling til eksamen

Der stilles 5-6 opgaver i løbet af kurset, hvoraf alle undtagen én skal godkendes for at deltage i eksamen.

Hjælpemidler
Alle hjælpemidler tilladt
Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ekstern censur
Reeksamen

Samme som den ordinære eksamen. 

Hvis opgaverne ikke er godkendt, skal de senest tre uger før re-eksamen være afleveret og senest to uger før reeksamen være godkendt af kursusansvarlig. 

Kriterier for bedømmelse

For at opnå karakteren 12, skal den studerende overbevisende og præcist kunne demonstrere viden, færdigheder og kompetencer som beskrevet under målbeskrivelsen.