NBIA04014U Proteinkemi og enzymologi I
Protein Chemistry and Enzymology I
Bacheloruddannelsen i molekylær biomedicin
Teoretisk grundkursus i proteinkemi og enzymologi. I kurset gennemgås aminosyrernes kemi, proteiners strukturelle niveauer, proteinstrukturbestemmelse, proteinstabilitet, proteinfleksibilitet, enzymkinetik og enzymmekanismer, protein-ligand interaktioner, membranproteiner samt proteinmodifikationer. Under denne gennemgang lægges vægt på betydningen for proteinfunktion og forståelsen af relevante sygdomme og behandling af disse.
Viden:
Den studerende kan/har:
- Redegøre for aminosyrernes struktur, herunder visse posttranslationelle modifikationer, og funktionelle egenskaber
- Redegøre for og beskrive primær- sekundær, tertiær og kvartenærstruktur
- Redegøre for proteinmodifikationer i forbindelse med sekretorisk transport, samt analytiske metoder i relation til dette emneområde
- Redegøre for betydningen af proteinstruktur for proteinfunktion
- Redegøre for almindelige begreber og analysemetoder inden for proteinevolution (divergent/konvergent evolution, ortolog/paralog)
- Redegøre for kovalente og ikke-kovalente interaktioner og fysiske kræfter af betydning for proteiner, herunder vands betydning for samme, og disses afhængighed af afstande
- Redegøre for metalkoordination i proteiner og dennes betydning
- Beskrive anvendelsen af metoder til analyse af proteinstrukturer (fluorescens spektroskopi, absorption, massespektrometri, cirkulær dikroisme, NMR-spektroskopi, røntgen diffraktion, krystallisation)
- Beskrive metoder til proteinoprensning (kromatografi og elektroforese)
- Kendskab til den molekylære basis for klassifikation af proteinstrukturer herunder motiver, super-sekundære strukturer, fold, domæner og moduler
- Redegøre for steady-state og Michaelis-Menten enzymkinetik
- Redegøre for kinetik og –termodynamik i relation til enzymfunktion og proteinstabilitet
- Definere enzym, cofaktor, coenzym, holo- og apoenzym
- Redegøre for og beskrive hvorledes enzymaktivitet kan reguleres in vivo og in vitro (hæmmere, regulatoriske enzymer, allosteri, feedback inhibering, reversibel kovalent modifikation, fosforylering, zymogen)
- Redegøre for enzymatisk og inhibitorisk kontrol af blodkoagulations- og fordøjelsessystemet, samt for plastiknedbrydende enzymer
- Beskrive og forklare enzymmekanismer og –funktion (serinproteaser, glykosidaser (lysozym), metalloenzymer, syre-base katalyse, kovalent katalyse, metalion katalyse, nukleofil)
- Redegøre for og beskrive proteinfoldning og -misfoldning samt proteinstabilitet
- Beskrive assisteret proteinfoldning og chaperoner
- Beskrive strukturelle og funktionelle aspekter af protein-ligand interaktioner
- Redegøre for struktur og funktion af hæmoglobin, herunder regulering
- Redegøre for protein eksport ud af cellen for relaterede post-translationelle modifikationer
- Redegøre for biologiske membraners opbygning og topologi af membranproteiner
- Redegøre for hydropati plot
- Redegøre for membranproteiners funktion og struktur
- Redegøre for nativ uorden i proteiner
Færdigheder:
Den studerende kan:
- Demonstrere forståelse for anvendelsen af metoder til analyse af proteinstrukturer (fluorescens spektroskopi, absorbtion, massespektrometri, cirkulær dikroisme, NMR-spektroskopi, røntgen diffraktion, krystallisation)
- Demonstrere forståelse af proteinstrukturer, herunder intermolekylære kræfter og metoder til strukturbestemmelse og anvende AlphaFold til modellering af proteinstruktur
- Demonstrere forståelse for metoder til proteinoprensning (kromatografi og elektroforese)
- Beregne (fx vha. regneprogrammet Excel), anvende og vurdere kinetiske og termodynamiske parametre (KM, Vmax, v0, kcat, KI, Ka, Keq, Kd, m, Cm, Tm, ∆G, ∆H, ∆S)
- Anvende og vurdere anvendeligheden af metoden dobbelt reciprokt plot til bestemmelse af kinetiske parametre
- Forklare og vurdere resultater fra kinetiske og termodynamiske analyser af proteiner
- Anvende og vurdere termodynamiske og ligevægtsanalyser af protein-ligand interaktioner og proteinstabilitet også ved brug af non-lineære computer modeller
- Anvende BLAST computerprogram til sekvenssammenligninger og bioinformatiske værktøjer tilgængelige på ExPaSy til beregning af proteinkemiske parametre for aminosyresekvenser
- Anvende store databaser som Protein Data Bank (www.rcsb.org) til søgning, download og visualisering af proteinstrukturer
- Forklare allosteri og kooperativitet og kunne spotte og analysere Scatchard og Hill plots
- Analysere og løse problemstillinger af proteinkemisk karakter i relation til en eller flere af kursets emneområder
Kompetencer:
Den studerende kan:
- Diskutere, evaluere og perspektivere problemstillinger af proteinkemisk karakter i relation til en eller flere af kursets emneområder.
Se Absalon.
- Kategori
- Timer
- Forelæsninger
- 14
- Holdundervisning
- 24
- Forberedelse (anslået)
- 162
- E-læring
- 2
- Eksamen
- 4
- I alt
- 206
Som meritstuderende - klik her!
Som enkeltfags-studerende (efter- og videreuddannelse) - klik
her!
- Point
- 7,5 ECTS
- Prøveform
- Skriftlig stedprøve, 4 timer med opsyn.
- Prøveformsdetaljer
- Den skriftlige stedprøve er en ITX-eksamen.
Se vigtig information om ITX-stedprøver på Studieinformation under punktet: Eksamen -> Eksamensform og regler -> Skriftlig stedprøve (ITX-prøve) - Hjælpemidler
- Kun visse hjælpemidler tilladt
Almindelig lommeregner samt udvalgte ITX regneprogrammer (fx Excel) tilladt.
- Bedømmelsesform
- 7-trins skala
- Censurform
- Ekstern censur
- Reeksamen
Samme som ordinær eksamen.
Hvis der er 10 eller færre tilmeldte til reeksamen, vil eksamensformen blive ændret til 30 min. mundtlig eksamen på baggrund af to hovedspørgsmål og 30 min. forberedelse med lommeregner som hjælpemiddel.
Kriterier for bedømmelse
For at opnå karakteren 12, skal den studerende overbevisende og præcist kunne demonstrere viden, færdigheder og kompetencer som beskrevet under målbeskrivelsen.
Kursusinformation
- Sprog
- Dansk
- Kursuskode
- NBIA04014U
- Point
- 7,5 ECTS
- Niveau
- Bachelor
- Varighed
- 1 blok
- Placering
- Blok 3
- Skemagruppe
- Hele blok 3. Undervisningen er koordineret med Humanbiologi, og er derfor ikke placeret i en skemagruppe.
- Kursuskapacitet
- 78
Der kan være færre pladser, hvis du tilmelder dig i eftertilmeldingsperioden (BA og KA) eller som merit- eller enkeltfagsstuderende.
Studienævn
- Studienævn for det Biologiske Område
Udbydende institut
- Biologisk Institut
Udbydende fakultet
- Det Natur- og Biovidenskabelige Fakultet
Kursusansvarlige
- Karen Skriver (kskriver@bio.ku.dk)
Undervisere
Birthe B. Kragelund, Jakob Winther