LBIB10123U Bioinformatik 1

Årgang 2018/2019
Engelsk titel

Bioinformatics 1

Uddannelse

Bacheloruddannelsen i molekylær biomedicin
Bacheloruddannelsen i biologi-bioteknologi
 

Kursusindhold

Databaser
DNA og protein sekvens alignments, herunder pairwise og multiple aligments og BLAST
Molekylær fylogeni og bootstrapping
Transcriptomics
Genom annotering og gene finding (protein kodende)
Motiv søgning
Genom analyser
RNA foldning og struktur
Klassifikation af 3D-proteinstrukturer, sekundær struktur forudsigelse og 3D-struktur (komparativ) modellering

Målbeskrivelser

Kursets hovedformål er at uddanne de studerende til at forstå grundlæggende bioinformatiske metoder og deres anvendelsesmuligheder. Der er lagt vægt på hands-on erfaring samt at der opnås en grundlæggende forståelse for de bagvedliggende principper, således at de studerende bringes i stand til at de udnytte de enorme mængder tilgængelige data til at opnå biologisk viden, og til at kunne forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder.

Når kurset er færdigt forventes den studerende at:

Viden:
- kunne beskrive opbygning af molekylære og proteinstrukturdatabaser
- have viden om Gene Ontologies
- kunne beskrive grundlæggende love og principper for de mest udbredte bioinformatiske metoder til parvis og multiple sekvenssammenligning, fylogeni, detektion af sekvensmotiver, (herunder f.eks. bindingsites i promotorer)
- have kendskab til principper i gen findning af protein kodende og ikke-kodende RNA gener
- have kendskab til principper i genom analyse
- have kendskab til principper i motiv søgning
- have kendskab til principper i RNA foldning
- kunne beskrive grundlæggende principper for klassifikation af proteiners 3D strukturer og -modellering
- have viden om transcriptomics
 

Færdigheder:
- søge viden i eksisterende molekylære og proteinstrukturdatabaser og genome browers
- udføre parvise og multiple sammenligninger af sekvenser
- fremstille og forstå fylogenetiske træer
- søge efter og identificere sekvensmotiver
- udføre grundlæggende genomanalyse
- grundlæggende håndtering af data ifbm sekvens assembly/read mapping
- søge efter bindings motiv i DNA
- søge efter ikke-kodende RNA gener
- udføre grundlæggende RNA (2D) foldning
- søge viden i og bruge eksisterende transcriptomics databaser
- fremstille 3D-protein strukturer baseret på computerbaseret komparativ modellering

Kompetencer:
Forholde sig kritisk til valg af og brug af bioinformatiske værktøjer baseret på en forståelse af de grundlæggende principper bag bioinformatik. Forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatikse metoder.

 

 

Undervisningsmateriale

Udvalgte bogkapitler som f.eks. fra Understanding bioinformatics, Zvelebil and Baum, Garland Science , artikler i begrænset omfang og noter, herunder vejledninger til computerøvelser.

Viden om DNA, RNA, proteiner og geners opbygning og funktioner. Basal genetik.
Pr uge vil der i gennemsnit være 2-3 dobbelte forelæsninger, selvstændigt arbejde med teoretiske øvelser, gruppediskussioner og typsik 2-3 computerøvelser/​cases
Bemærkninger: Kapitel 1 i Understanding bioinformatics, Zvelebil and Baum, Garland Science (ISBM 0815340249) repræsenterer den faglige forudsætning. Kapitlet findes på Absalon
  • Kategori
  • Timer
  • Eksamen
  • 1
  • Forberedelse
  • 110
  • Forelæsninger
  • 35
  • Praktiske øvelser
  • 50
  • Teoretiske øvelser
  • 10
  • I alt
  • 206
Løbende feedback i undervisningsforløbet
Peerfeedback (studerende giver hinanden feedback)

Løbende feedback under afvikling af computerøvelser/cases. De studerende fremlægger computerøvelser/cases for hinanden og modtager peerfeedback.

Point
7,5 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve, 20 min. (uden forberedelse)
Den studerende trækker spørgsmål i to af de computerøvelser/​cases, der er arbejdet med i løbet af kurset og fremlægger computerøvelserne/​cases. Dernæst bliver der eksamineret i de udtrukne computerøvelser/​cases og generelt i pensum.
Hjælpemidler
Kun visse hjælpemidler tilladt

Computerøvelser, cases og egne noter.

Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ingen ekstern censur
Én intern bedømmer.
Reeksamen

Samme som ordinær eksamen.

Kriterier for bedømmelse

•At kunne redegøre for principperne og anvendelserne af  de i pensum angivne bioinformatikmetoder.

•Hands-on erfaring med bioinformatiske værktøjer

•Forståelse for de bagvedliggende teoretiske principper.

•At kunne forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder.