SFKM10380U Eftersporing af fødevareudbrud

Årgang 2013/2014
Engelsk titel

Foodborne Disease Outbreak Investigations

Uddannelse
Masteruddannelsen i fødevarekvalitet og -sikkerhed
Kursusindhold
Næsten dagligt hører vi om udbrud med fødevarebårne patogener i medierne fx Salmonella i svinekød, norovirus i frosne hindbær og VTEC i spegepølser og agurker. At finde den specifikke kilde til et udbrud er dog ofte et kompliceret stykke detektivarbejde, der kræver et godt samarbejde mellem myndigheder, forskere og erhverv; herunder mellem humane og veterinære epidemiologer og mikrobiologer. Udover at stoppe udbruddet så yderligere sygdomstilfælde undgås, bibringer en succesfuld opklaring af et udbrud desuden ofte ny viden om smittekilder eller smitteveje, der kan bruges til fremtidig forebyggelse og kontrol.

I dette kursus vil vi gennemgå de mikrobiologiske og epidemiologiske metoder som vi anvender i eftersporingsarbejdet. Alle metoder er internationalt anerkendte værktøjer, men metoderne og ikke mindst resultaterne kan ofte være svære at fortolke i det rette perspektiv. Formålet med kurset er derfor også at give forståelse for metodernes styrker og svagheder. Kurset vil tage de studerende gennem alle trinene i opklaringsarbejdet og det hele vil blive krydret med eksempler og case studier fra det virkelige liv.

En succesfuld udbrudseftersporing forudsætter ofte, at man kombinerer resultaterne fra mikrobiologiske og epidemiologiske metoder. Mikrobiologiske metoder anvendes til entydigt at identificere bakterier og adskille dem på underarts niveau (fx kende forskel på to forskellige stammer af Salmonella Typhimurium). Vi vil på kurset give en grundig introduktion til de mikrobielle og molekylære principper, som danner grundlag for moderne molekylære metoder til identifikation og type-inddeling af mikroorganismer. Eksempler på metoder der vil blive gennemgået er sero- og fagtypning, DNA-basserede metoder (PCR, MVLA, PFGE) samt biokemiske tests. Resultaterne kan anvendes dels til at få en mistanke om en mulig kilde (hvis det fx er en bestemt Salmonella type, som man tidligere har set i en specifik fødevare eller animalsk reservoir), og dels til at af- eller bekræfte en sammenhæng mellem fund af et patogen i hhv. syge mennesker og mistænkte fødevarer.

Epidemiologiske metoder inkluderer bl.a. interviewundersøgelser (fx case-kontrol og kohorte undersøgelser), som har til formål at udpege mulige smittekilder ved at spørge patienter og raske personer om deres indtag af forskellige fødevarer i en given periode og derefter foretage en statistisk sammenligning af deres svar. Sådanne undersøgelser kan danne baggrund for udtagning af prøver til mikrobiologiske undersøgelser. Epidemiologi handler også om at beskrive udbruddets forløb og definere omfang såvel geografisk som tidsmæssigt, samt karakterisere patienterne, herunder alder og køn mm. Sådanne informationer danner bl.a. grundlag at generere hypoteser omkring smittekilden.

En mindre del af kurset vil gennemgå anvendelsen af metoder til påvisning af smittekilder, kortlægning af smitteveje og disses relative betydning for humane infektioner, som ikke er en del at et udbrud dvs. såkaldte sporadiske tilfælde.
Målbeskrivelser
Formålet er at give de studerende kompetencer indenfor i eftersporing af fødevarebårne sygdomsudbrud. Kurset leverer en palet af standardiserede metoder og koncepter for identificering, efterforskning og tilbagesporing af udbrud, samt diskussioner af og eksempler på efterfølgende risikohåndtering for at stoppe udbruddet og forebygge lignende situationer i fremtiden.

På kurset opnås følgende kompetencer:

Viden

  • Udvise overblik over principper for overvågning og kontrol af fødevarebårne patogener i husdyr og fødevarer
  • Beskrive moderne påvisnings- og typningsmetoder og kort redegøre for principperne bag.
  • Sammenfatte mikrobiologiske og epidemiologiske metoder til identificering af smittekilder for humane infektioner, der ikke er del af et udbrud (dvs. sporadiske tilfælde)

Færdigheder

  • Redegøre for hvordan moderne påvisnings- og typningsmetoder anvendes i laboratorie-baseret overvågning af humane infektioner
  • Forklare hvordan overvågningsdata anvendes i udbrudseftersporinger
  • Anvende epidemiologiske og mikrobiologiske metoder til identificering, analyse og eftersporing af fødevarebårne sygdomsudbrud, herunder få kendskab til brugen af Epi Info (free ware)

Kompetencer

  •  Kunne diskutere de operationelle trin i en udbrudsundersøgelse
  •  Selvstændigt at arbejde med case study rapporter
Undervisningsmateriale
Liste over udvalgt relevant litteratur, herunder pensumstof, vil være tilgængelig via Campusnet. Dette indbefatter artikler, kompendier, PowerPoint-præsentationer og lign. De studerende vil desuden få en kopi af softwaret Epi Info (http:/​/​wwwn.cdc.gov/​epiinfo/​), der anvendes til de analytiske epidemiologiske øvelser.
Der er fire undervisningsdage (en samling) på Fødevareinstituttet DTU. Undervisningen består af forelæsninger og praktiske øvelser, som bl.a. vil danne grundlag for den case study rapport, som de studerende skal arbejde med parallelt med undervisningsforløbet. Der lægges op til, at projektrapporten udarbejdes af en gruppe på 2-3 studerende, evt. individuelt. Case studiet skal godkendes af kursuskoordinatoren og danner baggrund for den mundtlige eksamen.
Kurset består af forelæsninger samt teoretiske og praktiske øvelser.
  • Kategori
  • Timer
  • Eksamen
  • 1
  • Forberedelse
  • 10
  • Forelæsninger
  • 24
  • Praktiske øvelser
  • 15
  • Projektarbejde
  • 50
  • Teoretiske øvelser
  • 8
  • Vejledning
  • 2
  • I alt
  • 110
Point
4 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve
Ved eksamen gennemgås dele af case study rapporten. Der kan eksamineres i hele rapportarbejdet samt det øvrige pensum.
Krav til indstilling til eksamen
Godkendelse af case study rapport.
Hjælpemidler
Kun visse hjælpemidler tilladt
Case study rapport
Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ekstern censur
Kriterier for bedømmelse
Helhedsvurdering, hvor det på baggrund af besvarelsen af case study rapporten og den mundtlige eksamenn vurderes, om den studerende på tilfredsstillendevis har opnået ovenstående viden, færdigheder og kompetancer.