LBIB10123U Bioinformatik 1

Årgang 2013/2014
Engelsk titel

Bioinformatics 1

Kursusindhold
Databaser
DNA og protein sekvens alignments, herunder pairwise og multiple aligments og BLAST
Molekylær fylogeni og bootstrapping
Transcriptomics
Genom annotering og gene finding (protein kodende)
Motiv søgning
Genom analyser
RNA foldning og struktur
Klassifikation af 3D-proteinstrukturer, sekundær struktur forudsigelse og 3D-struktur (komparativ) modellering
Målbeskrivelser

Kursets hovedformål er at uddanne de studerende til at forstå grundlæggende bioinformatiske metoder og deres anvendelsesmuligheder. Der er lagt vægt på hands-on erfaring samt at der opnås en grundlæggende forståelse for de bagvedliggende principper, således at de studerende bringes i stand til at de udnytte de enorme mængder tilgængelige data til at opnå biologisk viden, og til at kunne forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder.

Når kurset er færdigt forventes den studerende at:
Viden:

- kunne beskrive opbygning af molekylære og proteinstrukturdatabaser
- have viden om Gene Ontologies
- kunne beskrive grundlæggende love og principper for de mest udbredte bioinformatiske metoder til parvis og multiple sekvenssammenligning, fylogeni, detektion af sekvensmotiver, (herunder f.eks. bindingsites i promotorer)
- have kendskab til principper i gen findning af protein kodende og ikke-kodende RNA gener
- have kendskab til principper i genom analyse
- have kendskab til principper i motiv søgning
- have kendskab til principper i RNA foldning
- kunne beskrive grundlæggende principper for klassifikation af proteiners 3D strukturer og -modellering
- have viden om transcriptomics


Færdigheder:
- søge viden i eksisterende molekylære og proteinstrukturdatabaser og genome browers
- udføre parvise og multiple sammenligninger af sekvenser
- fremstille og forstå fylogenetiske træer
- søge efter og identificere sekvensmotiver
- udføre grundlæggende genomanalyse
- grundlæggende håndtering af data ifbm sekvens assembly/read mapping
- søge efter bindings motiv i DNA
- søge efter ikke-kodende RNA gener
- udføre grundlæggende RNA (2D) foldning
- søge viden i og bruge eksisterende transcriptomics databaser
- fremstille 3D-protein strukturer baseret på computerbaseret komparativ modellering


Kompetencer:
Forholde sig kritisk til valg af og brug af bioinformatiske værktøjer baseret på en forståelse af de grundlæggende principper bag bioinformatik. Forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatikse metoder.

Undervisningsmateriale
Understanding bioinformatics, Zvelebil and Baum, Garland Science (ISBM 0815340249).
Der vil derudover bliver udleveret noter
Viden om DNA, RNA, proteiner og geners opbygning og funktioner.
Pr uge vil der i gennemsnit være 2-3 dobbelte forelæsninger, selvstændigt arbejde med teoretiske øvelser, gruppediskussioner og typsik 2-3 computerøvelser
Kapitel 1 i lærebogen repræsenterer den faglige forudsætning.
  • Kategori
  • Timer
  • Eksamen
  • 1
  • Forberedelse
  • 110
  • Forelæsninger
  • 35
  • Praktiske øvelser
  • 50
  • Teoretiske øvelser
  • 10
  • I alt
  • 206
Point
7,5 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve, 20 min
Beskrivelse af eksamen: De studerende får en opgave som udleveres onsdag eftermiddag i den sidste undervisningsuge. De studerende udarbejder individuelt en kort PowerPoint-præsentation, som afleveres den efterfølgende tirsdag morgen i eksamensugen. Til den mundtlige eksamen får den studerende 10 minutter til at fremlægge sin opgave, efterfølgende vil de blive eksamineret 10 minutter i opgaven og generelt i pensum
Krav til indstilling til eksamen
En PowerPoint præsentation af løsning til den stillede eksamensopgaven
Hjælpemidler
Kun visse hjælpemidler tilladt
Powerpoint præsentationen af den indleverede besvarelsen af eksamensopgaven
Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ingen ekstern censur
Én intern bedømmer
Kriterier for bedømmelse
•At forstå grundlæggende bioinformatiske metoder og deres anvendelsesmuligheder.
•Hands-on erfaring med bioinformatiske værktøjer
•Forståelse for de bagvedliggende principper.
•At kunne forholde sig kritisk til resultater opnået ved brug af bioinformatiske metoder.