NIFM18001U  Overvågning og eftersporing af fødevarebårne sygdomme

Årgang 2018/2019
Engelsk titel

Surveillance and Source Tracking of Foodborne Infections

Uddannelse

Masteruddannelsen i fødevarekvalitet og -sikkerhed

Kursusindhold

Næsten dagligt hører vi om udbrud med fødevarebårne patogener fx Salmonella i svinekød, norovirus i frosne bær og VTEC i bønnespirer. At finde den specifikke kilde til et udbrud er dog ofte et kompliceret stykke detektivarbejde, der kræver et godt samarbejde mellem myndigheder, forskere og erhverv; herunder mellem humane og veterinære epidemiologer og mikrobiologer. Udover at stoppe udbruddet så yderligere sygdomstilfælde undgås, bibringer en succesfuld opklaring af et udbrud desuden ofte ny viden om smittekilder eller smitteveje, der kan bruges til fremtidig forebyggelse og kontrol. Overvågning af forekomsten af fødevarebårne patogener i dyr, fødevarer og mennesker er grundlaget for en succesfuld udbrudsopklaring, da det er gennem denne, at man i første omgang opdager, at der er et udbrud i gang, og senere opstiller hypoteser om og eftersporer potentielle smittekilder.

På dette kursus vil vi gennemgå de mikrobiologiske og epidemiologiske metoder, som vi anvender til overvågning af fødevarebårne sygdomme og til eftersporing af smittekilder. Særligt vil der blive lagt vægt på opklaring af fødevarebårne udbrud. Alle metoder er internationalt anerkendte værktøjer, men metoderne og ikke mindst resultaterne kan ofte være svære at fortolke i det rette perspektiv. Formålet med kurset er derfor også at give forståelse for metodernes styrker og svagheder. Kurset vil gennemgå begreberne sensitivitet og specificitet af overvågningsmetoder og diskutere deres og prøvestørrelsers betydning for det der observeres. Kurset vil også tage deltagerne gennem alle trinene i opklaringen af fødevarebårne udbrud, og det hele vil blive krydret med eksempler og case studier fra det virkelige liv.

Eftersporing af smittekilder forudsætter ofte, at man kombinerer resultaterne fra mikrobiologiske og epidemiologiske undersøgelser. Mikrobiologiske metoder anvendes til entydigt at identificere bakterier og adskille dem på underarts niveau. Vi vil på kurset give en introduktion til de mest anvendte typningsmetoder brugt til overvågning og udbrudseftersporing, herunder MLST, MLVA og helgenomsekventering (WGS). Typningsresultater anvendes dels til at få en mistanke om en mulig kilde (hvis det fx er en bestemt Salmonella type, som man tidligere har set i en specifik fødevare eller animalsk reservoir), og dels til at af- eller bekræfte en sammenhæng mellem fund af et patogen i hhv. syge mennesker og mistænkte fødevarer.

Epidemiologiske metoder inkluderer bl.a. interviewundersøgelser (fx case-kontrol og kohorte undersøgelser), som har til formål at udpege mulige smittekilder ved at spørge patienter og raske personer om deres indtag af forskellige fødevarer i en given periode og derefter foretage en statistisk sammenligning af deres svar. Sådanne undersøgelser kan danne baggrund for udtagning af prøver til mikrobiologiske undersøgelser. Epidemiologi handler også om at beskrive udbruddets forløb og definere omfang såvel geografisk som tidsmæssigt, samt karakterisere patienterne, herunder alder og køn mm. Sådanne informationer danner bl.a. grundlag for at generere hypoteser omkring smittekilden.

Målbeskrivelser

Målet er at give de studerende kompetencer til at analysere og fortolke overvågningsdata og deltage aktivt i eftersporing og forebyggelse af fødevarebårne sygdomsudbrud. Kurset leverer en palet af standardiserede metoder og koncepter for identificering af smittekilder til humane infektioner, samt efterforskning og tilbagesporing af udbrud.

 

Viden
Den studerende vil efter dette kursus kunne:

  • Udvise overblik over principper for overvågning og kontrol af fødevarebårne patogener i husdyr og fødevarer
  • Forstå hvordan påvisnings- og typningsmetoder anvendes i laboratorie-baseret overvågning af humane infektioner
  • Forstå betydningen af at integrere overvågningsdata fra dyr, fødevare og mennesker, herunder hvordan de anvendes i udbrudseftersporinger
  • Beskrive de operationelle trin i en udbrudsundersøgelse.


Færdigheder
Den studerende vil efter dette kursus kunne

  • Analysere og fortolke overvågningsdata
  • Anvende epidemiologiske og mikrobiologiske metoder til identificering, analyse og eftersporing af fødevarebårne sygdomsudbrud, herunder anvendelse af EpiInfo (free ware) til analyse af spørgeskemadata
  • Redegøre for hvordan mikrobiologiske og epidemiologiske metoder anvendes til identificering af smittekilder for humane infektioner, der ikke er del af et udbrud (dvs. sporadiske tilfælde)


Kompetencer
Den studerende vil efter dette kursus kunne

  • Deltage aktivt i eftersporing og forebyggelse af fødevarebårne sygdomsudbrud
  • Arbejde selvstændigt med opklaring af fødevarebårne udbrud
  • Diskutere resultaterne i relevante fora
  • Foreslå yderligere undersøgelser eller iværksættelse af tiltag med henblik på fremtidig forebyggelse og kontrol af fødevarebårne infektioner.

Undervisningsmaterialet består af et udleveret kompendie (pensum), videoforelæsninger, forelæsningsnoter, udbrudsdatasæt og EpiInfo programmet.

Deltagere skal opfylde kriterierne for optagelse på Master i Fødevarekvalitet og –sikkerhed (en relevant uddannelse på bachelorniveau + minimum 2 års fuldtidsbeskæftigelse indenfor fødevaresektoren). Se mere om adgangskrav her: http:/​/​www.foedevaremaster.science.ku.dk/​praktiske_detaljer/​
Undervisningen består af to faglige samlinger på hhv. 3 og 2 dage som finder sted på Frederiksberg Campus. På samlingerne vil der være forelæsninger efterfulgt af praktiske øvelser, som bl.a. vil danne grundlag for den udbrudsrapport, som de studerende arbejde parallelt med igennem undervisningsforløbet. Der lægges op til, at rapporten (ca. 10-20 sider) udarbejdes af grupper på 2-3 studerende, evt. individuelt. Projektarbejdet understøttes af vejledning.
Kurset er et obligatorisk kursus på efteruddannelsen Master i Fødevarekvalitet og -sikkerhed. Kurset er målrettet studerende med en teknisk-naturvidenskabelig baggrund, som ønsker indsigt i overvågning og eftersporing af fødevarebårne sygdomme.
Skriftlig
Mundtlig
Individuel
Kollektiv
Løbende feedback i undervisningsforløbet
Feedback ved afsluttende eksamen (ud over karakteren)
Point
6 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve, 30 min
Der afholdes mundtlig gruppeeksamination, med individuel bedømmelse. Ingen forberedelsestid. De studerende trækker hver deres spørgsmål og eksamineres individuelt i 10-15 minutter. Derefter vil de øvrige studerende blive spurgt om de vil tilføje noget. Den resterende del af eksamen vil foregå som en styret diskussion. Varigheden af eksamen vil være ca. 1 time for en gruppe på 3 studerende. Da der lægges op til gruppearbejde tæller den skriftlige opgave ikke med ved eksamen.
Krav til indstilling til eksamen

Aflevering af projektrapport.

Hjælpemidler
Kun visse hjælpemidler tilladt

Egne noter.

Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ingen ekstern censur
Reeksamen

Som den ordinære eksamen.
Hvis den studerende ikke har afleveret projektrapporten, skal den afleveres senest to uger inden reeksamen.

Kriterier for bedømmelse

Karakteren 12 gives til studerende, der udfylder samtlige elementer i målbeskrivelsen.

  • Kategori
  • Timer
  • Forelæsninger
  • 15
  • Teoretiske øvelser
  • 7
  • Praktiske øvelser
  • 10
  • Projektarbejde
  • 90
  • Forberedelse
  • 40
  • Vejledning
  • 2
  • Eksamen
  • 1
  • I alt
  • 165