NBIB16002U Proteinkemi & enzymologi for biologer

Undervisningen vil give de studerende en grundlæggende teoretisk og praktisk forståelse for proteiners struktur og funktion.

De studerende opnår indblik i sammenhængen mellem proteiners kemisk-fysiske egenskaber og deres funktion.

Viden:
Den studerende kan

• Redegøre for aminosyrernes struktur og funktionelle egenskaber
• Redegøre for proteinstrukturens betydning for proteinfunktion
• Redegøre for og beskrive proteiners primære, sekundære, tertiære og kvarternære struktur
• Redegøre for kovalente og ikke-kovalente interaktioner og fysiske kræfter af betydning for proteiner
• Beskrive anvendelsen af metoder til analyse af proteinstrukturer (fluorescens spektroskopi, absorbtion, massespektrometri, cirkulær dikroisme, NMR-spektroskopi, røntgen diffraktion, cryoelektronmikroskopi)
• Identificere og klassificere proteinstrukturer, herunder proteinklasser og udvalgte proteinmotiver
• Redegøre for proteinmodifikationer i forbindelse med sekretorisk transport samt analytiske metoder brugt i relation til dette emneområde
• Redegøre for grundlæggende begreber og analysemetoder inden for proteinevolution (lineær alignment, divergent/konvergent evolution, ortolog/paralog)
• Beskrive grundlæggende metoder til proteinoprensning (kromatografi og elektroforese)
• Redegøre for steady-state og Michaelis-Menten enzymkinetik
• Redegøre for kinetik og termodynamik i relation til enzymfunktion og proteinstabilitet
• Definere enzym, cofaktor, coenzym, holo- og apoenzym
• Redegøre for og beskrive hvorledes enzymaktivitet kan reguleres (hæmmere, regulatoriske enzymer, allosteri, feedback inhibering, reversibel kovalent modifikation, fosforylering, zymogen)
• Beskrive og forklare enzymmekanismer og –funktion (serinproteaser (fx trypsin) og glykosidaser (fx lysozym)
• Redegøre for og beskrive proteinfoldning og -misfoldning i relation til proteinstabilitet
• Beskrive assisteret proteinfoldning og chaperoner
• Redegøre for biologiske membraners opbygning og topologi af membranproteiner
• Redegøre for hydropati plot
• Redegøre for membranproteiners funktion og struktur
   

Færdigheder:

Den studerende kan

• Demonstrere forståelse for anvendelsen af metoder til analyse af proteinstrukturer og hvor disse kan kombineres (fluorescens spektroskopi, absorbtion, massespektrometri, cirkulær dikroisme, NMR-spektroskopi, røntgen diffraktion, cryoelektronmikroskopi)
• Demonstrere forståelse for metoder til proteinoprensning (kromatografi og elektroforese)
• Analysere proteinstrukturer, herunder proteinklasser og udvalgte proteinmotiver
• Analysere, anvende og vurdere kinetiske og termodynamiske parametre (KM, Vmax, v0, kcat, KI, Ka, Keq, Kd, m, Cm, Tm, ∆G, ∆H, ∆S)
• Anvende og vurdere anvendeligheden af metoden dobbelt reciprokt plot til bestemmelse af kinetiske parametre
• Forklare og vurdere resultater fra kinetiske og termodynamiske analyser af proteiner
• Anvende og vurdere termodynamiske og ligevægtsanalyser af protein-ligand interaktioner
• Forklare allosteri og kooperativitet
• Analysere, vurdere og løse problemstillinger af proteinkemisk karakter i relation til en eller flere af kursets emneområder

Kompetencer:

• Evner at diskutere, evaluere og perspektivere problemstillinger af proteinkemisk karakter i relation til en eller flere af kursets emneområder.