NBIB16000U  Molekylær økologi

Årgang 2017/2018
Engelsk titel

Molecular Ecology

Uddannelse

Bacheloruddannelsen i biologi

Kursusindhold

Kurset har til formål at give de studerende viden og færdigheder i anvendelse af molekylære data til at besvare økologiske problemstillinger. Gennem kurset lærer den studerende at håndtere og analysere forskellige typer af molekylære data, og at anvende disse til at besvare økologiske og populationsgenetiske spørgsmål. Undervisningen tager udgangspunkt i at løse konkrete biologiske cases, hvor den studerende opnår praktisk erfaring med brug af analytisk software. Herudover vil den studerende få præsenteret eksempler på hvordan molekylær økologiske tilgange anvendes i konkrete forskningsprojekter.

Målbeskrivelser

Kurset vil give den studerende teoretisk og praktisk viden om populationsgenetiske tilgange til økologiske problemstillinger. Herunder anvendelse af forskellige statistiske metoder. Gennem praktiske øvelser vil den studerende desuden få færdigheder i at anvende metoderne på diverse typer af molekylære data.

Efter endt kursus har den studerende:

Viden:

  • Genetiske markører og deres molekylære baggrund
  • Populationsstruktur og populationsdifferentiering
  • Gængse statistiske metoder og deres anvendelse
  • Coalescens teori
     

Færdigheder:

  • Downloade sekvens datasæt og håndtere de mest almindelige dataformater: fasta, phylip, nexus
  • Foretage og forstå alignment af sekvenser og lave og tolke fylogenetiske træer som NJ, Maximum Likelihood og Baysian baseret fylogeni
  • Anvende molekylære data i populationsgenetiske analyser af gen diversitet, nucleotid diversitet,  bestemmelse af effektiv populationstørrelse og koblingsuligevægt
  • Anvende molekylære data til analyse af populationsstruktur og populationsblandinger, beregning af genetiske afstande, migration og gen-flow
  • Anvende molekylære data og software til at besvare fylogeografiske og demografiske problemstillinger.  
  • Anvende environmental DNA til analyse af forskellige organismers samfundstruktur samt til barcoding
     

Kompetencer:

  • Foretage kritisk analyse af nyere litteratur indenfor molekylær økologi
  • Vurdere metodevalg til analyse og økologiske og populationsgenetiske spørgsmål
  • Præsentere resultater af molekylære analyser både skriftligt og mundligt.

Se Absalon.
Der vil blive anvendt en lærebog samt artikler. Desuden indgår diverse software.

 

Det forventes at den studerende har bestået de obligatoriske fag på bachelorstudiet.
Undervisningen tager udgangspunkt i konkrete biologiske cases som løses ved at anvende relevante analyser og software på udleverede datasæt. Projektarbejdet, hvor de studerende, gennem analyse af de udleverede datasæt, skal besvare relevante spørgsmål, foregår dels som hjemmearbejde og dels i undervisningstiden. Resultaterne gennemgås i plenum og teorien bag analyserne gennemgås som forelæsninger og diskussioner. Desuden vil relevant litteratur, i form af videnskabelige artikler, blive gennemgået og præsenteret.
Mundtlig

De studerende præsenterer resultaterne af analyser i plenum, og får mundtlig feed back på deres præsentation.

Point
7,5 ECTS
Prøveform
Mundtlig prøve, 20 minutter
Den mundtlige eksamen er baseret på en videnskabelig artikel, der udleveres 1 uge før eksamen, samt generelt i kursets gennemgåede stof.
Hjælpemidler
Uden hjælpemidler
Bedømmelsesform
7-trins skala
Censurform
Ingen ekstern censur
Flere interne bedømmere.
Reeksamen

Samme som ordinær, men på baggrund af ny artikel.

Kriterier for bedømmelse

Se Målbeskrivelse.

  • Kategori
  • Timer
  • Eksamen
  • 0,5
  • Forberedelse
  • 113,5
  • Forelæsninger
  • 12
  • Kollokvier
  • 10
  • Øvelser
  • 40
  • Projektarbejde
  • 30
  • I alt
  • 206,0