Engelsk   Dansk
Velkommen til Københavns Universitets kursuskatalog

NBIB14029U  Proteinvidenskab og enzymteknologi Årgang 2017/2018

Engelsk titel
Protein Science and Enzyme Technology

Kursusinformation

SprogDansk
Point15 ECTS
NiveauBachelor
Varighed1 blok
Placering
Blok 3
Skemagruppe
Uden for skemastruktur
Kursuskapacitet96
Efter- og videreuddannelse
StudienævnStudienævn for det Biologiske Område
Udbydende institut
  • Biologisk Institut
Kursusansvarlig
  • Lars Ellgaard (9-6f686f6f6a6464756743656c72316e7831676e)
Undervisere
Lars Ellgaard, Kaare Teilum, Gert Dandanell, Kresten Lindorff-Larsen, Michael A. Sørensen
Gemt den 30-03-2017
Uddannelse

Bacheloruddannelsen i biokemi

Kursusindhold

Undervisningen omfatter proteiners kemiske og strukturelle egenskaber, aminosyresidekædernes reaktivitet, foldning og stabilitet, protein-protein og protein-ligand interaktioner, rekombinant proteinekspression, metoder til proteinoprensning og karakterisering, co- og post-translationelle modifikationer, basal bioinformatik (sekvens- og proteindatabaser samt in silico sekvens- og strukturanalyse), samt udvalgte eksempler til illustration af sammenhængen mellem proteiners struktur og funktion i en cellulær kontekst. Endvidere undervises i enzymmekanismer og regulering, protein-design og engineering samt aspekter af enzym(bio)teknologi. Øvelserne omfatter oprensning og enzymkinetisk karakterisering at et enzym.

Målbeskrivelser

Viden:

  • Kende aminosyrernes kemisk reaktive grupper samt almindelige modifikationer af disse brugt til analytiske formål
  • Forstå og redegøre for begreber som domæne, samt similaritet og homologi på både sekvens- og strukturniveau
  • Kende centrale sekvens- og strukturdatabaser
  • Forstå og redegøre for basale principper inden for proteinfoldning, stabilitet og nedbrydning samt ubiquitin-proteasomsystemet
  • Forstå principperne for membranproteiners strukturelle opbygning
  • Forklare principperne for protein-ligand og protein-protein interaktioner, forstå og redegøre for grundlæggende begreber (dissociationskonstant, kooperativitet, aviditet)
  • Kende principperne for heterolog proteinekspression i forskellige organismer
  • Forstå og redegøre for basale oprensnings- og analyseteknikker så som forskellige kromatografiske metoder, SDS-PAGE, fluorescens- og CD-spektroskopi, samt proteinstrukturbestemmelse ved NMR-spektroskopi og røntgenkrystallografi
  • Kende co- og post-translationelle modifikationer og beskrive deres indflydelse på proteiners struktur og cellulære funktion
  • Beskrive og forklare enzymmekanismer og regulering af enzymaktivitet i udvalgte biologiske systemer
  • Forstå og redegøre for basale principper for protein-design og engineering
  • Kende til bioteknologisk anvendelse af proteiner (f.eks. vigtige industrielle enzymer)


Færdigheder:

  • Vurdere sammenhængen mellem proteiners struktur og funktion
  • Kunne foretage kvantitativ analyse af bindingsdata, f.eks. ved hjælp af et Scatchard plot
  • Kunne afgøre på baggrund af diagnostiske plots om en ligandbindings-proces udviser kooperativitet og om denne er positiv eller negativ
  • Anvende sekvens og strukturdatabaser samt internetbaserede redskaber til basal karakterisering af en proteinsekvens på forskellige strukturniveauer
  • Vurdere fordele og ulemper ved heterolog proteinekspression i forskellige organismer
  • Kunne beskrive sammenhængen mellem aminosyrers fysisk-kemiske egenskaber, deres reaktivitet og bidrag til proteinstruktur
  • Kunne udlede simple ligninger der beskriver sammenhængen mellem termodynamiske parametre (pKa, Kd, osv) og eksperimentelt observerbare egenskaber
  • Analysere og forklare enzymkinetiske reaktioner ud fra analyser af enzymkinetiske data, herunder kendskab til Michael Menten kinetik samt forskellige mekanismer for hæmning
  • Beskrive udvalgte eksempler på hvordan specifikke proteiners struktur relaterer til deres funktionelle egenskaber i en cellulær kontekst
  • Udføre basale analyser af proteiners egenskaber ud fra visuel analyse af deres tre-dimensionelle struktur
  • Udføre laboratoriearbejde på forsvarlig vis og anvende forskelligartet apparatur i forbindelse med laboratorieøvelser, og behandle de opnåede data både kvalitativt og kvantitativt


Kompetencer:

  • Dokumentere (vha laboratoriejournal) og præsentere resultaterne af udførte eksperimenter
  • Opnå viden om enzymmekanismer ud fra en fortolkning af videnskabelige data
  • Læse en original metodebeskrivelse og derfra udfærdige en forsøgsprotokol
  • Kombinere viden om proteinfoldning og stabilitet til en generel forståelse af forholdet mellem in vivo og in vitro proteinfoldning
  • Kritisk evaluere fordele og ulemper ved forskellige metoder til proteinoprensning og karakterisering
  • Kunne anvende den opnåede viden og færdigheder til at rationalisere et givent proteins opførsel baseret på en analyse af forholdet mellem dets struktur, funktion og mekanisme
Undervisningsmateriale

Se Absalon

Undervisningsform
Forelæsninger, teoretiske øvelser, computerøvelser og laboratorieøvelser.
Feedbackform
Mundtlig
Individuel
Kollektiv
Anbefalede faglige forudsætninger
Pensum i alle 1. års kurser samt i Molekylærbiologi, genetik og bioteknologi forudsættes bekendt.
Tilmelding
Selvbetjeningen på KUnet
Eksamen
Point15 ECTS
Prøveform
Skriftlig prøve, 4 timer med opsyn.
---
Krav til indstilling til eksamen

For at indstille sig til eksamen skal den studerende have deltaget i minimum 80% af øvelsestimerne, og alle rapporter og journaler skal være godkendt.

HjælpemidlerKun visse hjælpemidler tilladt

Egen lommeregner må medbringes. Der tillades adgang til regneprogrammer på computeren.

Bedømmelsesform7-trins skala
CensurformEkstern censur
Reeksamen

Som ordinær.

Der kan ikke ses bort fra kravet om deltagelse i mindst 80% af øvelsestimerne, og studerende, der ikke opfylder kravet, skal derfor følge kurset igen det kommende studieår. Er kravet om deltagelse opfyldt, men ikke kravet om godkendelse af øvelsesrapporter, skal alle øvelsesrapporter være godkendt senest to uger inden reeksamen.

Kriterier for bedømmelse

For at opnå karakteren 12 skal den studerende på overbevisende vis opfylde de beskrevne mål for viden, færdigheder og kompetencer i feltet "Målbeskrivelser".

Arbejdsbelastning
KategoriTimer
Eksamen4
Forberedelse304
Forelæsninger22
Teoretiske øvelser32
Praktiske øvelser50
I alt412
Gemt den 30-03-2017