SFKM10380U Eftersporing af fødevareudbrud
Foodborne Disease Outbreak Investigations
Næsten dagligt hører vi om udbrud med fødevarebårne patogener i
medierne fx Salmonella i svinekød, norovirus i frosne hindbær og
VTEC i bønnespirer. At finde den specifikke kilde til et udbrud er
dog ofte et kompliceret stykke detektivarbejde, der kræver et godt
samarbejde mellem myndigheder, forskere og erhverv; herunder mellem
humane og veterinære epidemiologer og mikrobiologer. Udover at
stoppe udbruddet så yderligere sygdomstilfælde undgås, bibringer en
succesfuld opklaring af et udbrud desuden ofte ny viden om
smittekilder eller smitteveje, der kan bruges til fremtidig
forebyggelse og kontrol.
I dette kursus vil vi gennemgå de mikrobiologiske og
epidemiologiske metoder som vi anvender i eftersporingsarbejdet.
Alle metoder er internationalt anerkendte værktøjer, men metoderne
og ikke mindst resultaterne kan ofte være svære at fortolke i det
rette perspektiv. Formålet med kurset er derfor også at give
forståelse for metodernes styrker og svagheder. Kurset vil tage de
studerende gennem alle trinene i opklaringsarbejdet og det hele vil
blive krydret med eksempler og case studier fra det virkelige liv.
En succesfuld udbrudseftersporing forudsætter ofte, at man
kombinerer resultaterne fra mikrobiologiske og epidemiologiske
undersøgelser. Mikrobiologiske metoder anvendes til entydigt at
identificere bakterier og adskille dem på underarts niveau (fx
kende forskel på to forskellige stammer af Salmonella Typhimurium).
Vi vil på kurset give en grundig introduktion til de mikrobielle og
molekylære principper, som danner grundlag for moderne molekylære
metoder til identifikation og type-inddeling af mikroorganismer.
Eksempler på metoder der vil blive gennemgået er sero- og
fagtypning, DNA-basserede metoder (PCR, MVLA, PFGE) samt biokemiske
tests. Resultaterne kan anvendes dels til at få en mistanke om en
mulig kilde (hvis det fx er en bestemt Salmonella type, som man
tidligere har set i en specifik fødevare eller animalsk reservoir),
og dels til at af- eller bekræfte en sammenhæng mellem fund af et
patogen i hhv. syge mennesker og mistænkte fødevarer.
Epidemiologiske metoder inkluderer bl.a. interviewundersøgelser (fx
case-kontrol og kohorte undersøgelser), som har til formål at
udpege mulige smittekilder ved at spørge patienter og raske
personer om deres indtag af forskellige fødevarer i en given
periode og derefter foretage en statistisk sammenligning af deres
svar. Sådanne undersøgelser kan danne baggrund for udtagning af
prøver til mikrobiologiske undersøgelser. Epidemiologi handler også
om at beskrive udbruddets forløb og definere omfang såvel
geografisk som tidsmæssigt, samt karakterisere patienterne,
herunder alder og køn mm. Sådanne informationer danner bl.a.
grundlag at generere hypoteser omkring smittekilden.
En mindre del af kurset vil gennemgå anvendelsen af metoder til
påvisning af smittekilder, kortlægning af smitteveje og disses
relative betydning for humane infektioner, som ikke er en del at et
udbrud dvs. såkaldte sporadiske tilfælde
Formålet er at give de studerende kompetencer indenfor i
eftersporing af fødevarebårne sygdomsudbrud. Kurset leverer en
palet af standardiserede metoder og koncepter for identificering,
efterforskning og tilbagesporing af udbrud, samt diskussioner af og
eksempler på efterfølgende risikohåndtering for at stoppe udbruddet
og forebygge lignende situationer i fremtiden.
På kurset opnås følgende kompetencer:
Viden
- Udvise overblik over principper for overvågning og kontrol af fødevarebårne patogener i husdyr og fødevarer
- Beskrive moderne påvisnings- og typningsmetoder og kort redegøre for principperne bag.
- Sammenfatte mikrobiologiske og epidemiologiske metoder til identificering af smittekilder for humane infektioner, der ikke er del af et udbrud (dvs. sporadiske tilfælde)
Færdigheder
- Redegøre for hvordan moderne påvisnings- og typningsmetoder anvendes i laboratorie-baseret overvågning af humane infektioner
- Forklare hvordan overvågningsdata anvendes i udbrudseftersporinger
- Anvende epidemiologiske og mikrobiologiske metoder til identificering, analyse og eftersporing af fødevarebårne sygdomsudbrud, herunder få kendskab til brugen af Epi Info (free ware)
Kompetencer
- Kunne diskutere de operationelle trin i en udbrudsundersøgelse
- Selvstændigt at arbejde med case study rapporter
Liste over udvalgt relevant litteratur, herunder pensumstof, vil være tilgængelig via Coursera. Dette indbefatter artikler, kompendier, videooptagelser, PowerPoint-præsentationer og lign. De studerende vil desuden få en kopi af softwaret Epi Info (http://wwwn.cdc.gov/epiinfo/), der anvendes til de analytiske epidemiologiske øvelser.
- Kategori
- Timer
- Eksamen
- 1
- Forberedelse
- 10
- Forelæsninger
- 24
- Praktiske øvelser
- 15
- Projektarbejde
- 50
- Teoretiske øvelser
- 8
- Vejledning
- 2
- I alt
- 110
- Point
- 4 ECTS
- Prøveform
- Mundtlig prøve, 30 minVed eksamen gennemgås dele af case study rapporten. Der kan eksamineres i hele rapportarbejdet samt det øvrige pensum.
- Krav til indstilling til eksamen
- Godkendelse af case study rapport.
- Hjælpemidler
- Kun visse hjælpemidler tilladt
Case study rapport
- Bedømmelsesform
- 7-trins skala
- Censurform
- Ekstern censur
Kriterier for bedømmelse
Helhedsvurdering, hvor det på baggrund af besvarelsen af case study rapporten og den mundtlige eksamenn vurderes, om den studerende på tilfredsstillendevis har opnået ovenstående viden, færdigheder og kompetancer.
Kursusinformation
- Sprog
- Dansk
- Kursuskode
- SFKM10380U
- Point
- 4 ECTS
- Niveau
- Master
- Varighed
- Tre uger
- Placering
- Blok 2
Kurset afvikles næste gang i november 2015 - følg med på uddannelsens hjemmeside: www.life.ku.dk/mfks. Kurset består af forelæsninger samt teoretiske og praktiske øvelser.
- Skemagruppe
- A (tirs 8-12 + tors 8-17)uden for blokstruktur
- Kursuskapacitet
- Ingen begrænsning
- Efter- og videreuddannelse
- Pris
7.500 kr.
- Studienævn
- Studienævn for Fødevarer, Human ernæring og Idræt
Udbydende institut
- Institut for Veterinær Sygdomsbiologi
Kursusansvarlige
- Dorte Frees (2-73754f82847d733d7a843d737a)