NPLB15005U Plant Genomics

Dette er et kursus i avanceret teoretisk og anvendt genomstudier med fokus på plantebioteknologi. Ved gennemførelse af kurset vil den studerende være i stand til at anvende bioinfomatiske redskaber til at søge i databaser med modelplanter og anvende genomsøgesmaskiner til at analysere simple opgaver.

Den studerende vil kunne beskrive nøgleteknikker indenfor molekylær genetik og udvalgte redskaber til at analysere genomisk information, inklusiv genkortbaseret kloning. Den studerende vil have tilstrækkelig viden om sammenhængen mellem fænotype og genetisk variation til at udnytte den nyeste viden og ressourcer om plantegenomer til selvstændigt at løse grundlæggende opgaver.

Den studerende skal kunne vise en detaljeret forståelse af begreberne  i forward og reverse genetiske metoder med eksempler på begge strategier. Den studerende vil kunne forklare fordele og ulemper ved modelplanter og afgrødeplanter.

Den studerende skal forstå principperne i næste generations sekventeringsmetoder, herunder hvordan metoderne kan anvendes.

Den studerende vil være i stand til at definere forskellige måder hvorpå genekspression reguleres og vise det ved at fortolke niveuet af transkripter i en øvelse. I en PC baseret øvelse vil den studerende definer QTL, beskrive hvordan de anvendes  i molekylær planteforædling. De studerende vil få erfaring med genetisk transformation af mos og anvende de transgene linier til bedømme forskellige metoder.  Gennem gruppe diskusioner skal den studerende analysere et nyt problem baseret på funktionel genomstudier, udvikle en løsning på den givne udfordring og forsvare det i en discussion med de andre grupper. Øvelserne beståes ved at skrive en rapport som bedømmer resultaterne i den eksperimentelle del.

Ved at gennemføre kurset vil den studerende have opnået:

Viden
- Beskrive de grundlæggende principper for de vigtigste modelplanter og planters evolution
- Forklare genetiske markører og deres anvendelse i forhold til kvalitative og kvantitative egenskaber
- Sammenligene grundlæggende teknologier anvendt på løsning af nye udfordringe I plantegenomiske studier og I molekyær planteforædling

Færdigheder
- Gennemføre en overbevisende vurdering af teknologier til at studere komplekse biologiske processer I plantemodel systemer
- Anvende molekylær og genetiske redskaber til forbedring af planter med henblike for afgrøder til føde, foder og højværdi produkter, f.eks. biomedicin bioenergy og grønne fabrikker

- Arbejde med cellekultur og udføre simple transformation

Kompetencer
- Vurderer en række forward og reverse genetiske strategier til isolering og funktionsafklaring af gener
- Vurderer variation i gener og fænotyper ved genomiske studier
- Deltage og argumentere aktivt konklusion opnået i  diskussion med andre studerende for